Rita Puspa Zakaria dilahirkan pada 20 November 1967 pada pukul 12:00 pagi di Kelapapati, sebuah kampung di Bengkalis, Riau, sebagai anak kelima dan puteri kedua daripada tujuh anak kepada Zakaria bin Muhammad Amin (1913–2006), seorang ulama, dan Siti Zainab binti Kimpal (1935–2014), seorang pelakon.[1][2] Beliau mempunyai tiga saudara lelaki, Zulkarnain (lahir 1957) dan Nukman (lahir 1960), kedua-duanya adalah penjawat awam, dan Gamal Abdul Nasir Zakaria (lahir 1965), seorang pensyarah, dan tiga saudara perempuan, Rinie Yuslina Fairuz (1964–2021), seorang penjawat awam, dan Nida Suryani (lahir 1971) dan Sri Purnama Zakaria (lahir 1973), kedua-duanya adalah guru.[1][2] Rita juga memiliki tiga saudara lelaki sebelah bapa, Nashruddin (1934–1999), seorang penjawat awam, Azra'ie (1947–2019), seorang pensyarah, dan Syakrani (lahir 1952), seorang ketua pelabuhan, dan empat saudara perempuan sebelah bapa, Aminah (1938–2011), seorang guru, Zaharah (1942–2007), seorang ahli politik, Ulfah (lahir 1943), seorang pakar sakit puan, dan Hanim Zakaria, seorang guru (lahir 1950), daripada perkahwinan pertama bapanya dengan Mariah binti Ahmad.[3][2] Pada usia 5 tahun, Rita meluangkan masa membawa adiknya, Nida, ke hospital menggunakan becak kerana kurang zat dan mengalami ulser.[perlu rujukan]

Pada 1 Januari 1974, Rita memulakan pendidikan dengan pergi ke SD Negeri 4 Bengkalis dan menamatkan pengajian pada tahun 1980.[perlu rujukan] Beliau kemudiannya melanjutkan pendidikan sekolah menengah dan menengah di SMP Negeri 1 Bengkalis dan SMA Negeri 1 Bengkalis, masing-masing dari 1980 hingga 1983 dan 1983 hingga 1986.[perlu rujukan] Selepas menamatkan pendidikan di SMA Negeri 1 Bengkalis, Rita melanjutkan pendidikan di Fakulti Kemanusiaan di Universitas Riau dalam jurusan sastera Inggeris.[perlu rujukan] Beliau kemudiannya berpindah ke Politeknik Kesihatan Kementerian Provinsi Padang dalam jurusan sains pemakanan pada tahun 1986, dan menamatkan pendidikan pada tahun 1989.[perlu rujukan] Semasa zaman kolejnya, Rita berkhidmat sebagai pengerusi senat kampus dan aktif mengambil bahagian dalam perbahasan di Radio Republik Indonesia. Beliau kemudian pergi ke Fakulti Kesihatan Umum Universitas Indonesia dalam jurusan epidemiologi pada tahun 1997 dan menamatkan pengajian pada tahun 1999 dengan tesis tentang faktor-faktor yang berkaitan dengan pencapaian asuhan antenatal bidan kampung di Puskesmas yang menerima bantuan ADB III di Kabupaten Bengkalis, Provinsi Riau, pada tahun 1998, dan memperoleh ijazah master dari IPB University pada tahun 2003.[4]